어떤 만다라는 수미산을 중심으로 사대주(四大洲)와 그 대주(大州)사이에 있는 소주(小州)들과 우리가 살고 있는 우주 등을 모두 마음으로 만들어서 제존(諸尊)들에게 공양을 올리는 것도 있으며 , 한편 천 위에 그린 만다라, 선정 만다라, 돌가루나 보석가루로 만든 만다라, 궁극적 보리심의 만다라, 통상적 보리심의 만다라 등이 있는데 이들은 모두 실천을 통하여 그 속에서 하나의 본질을 찾을 수 있을 때만이 만다라라고 할 수가 있는 것이다.

만다라에 보이는 오여래(五如來)는 오대(五大), 오온(五蘊), 오번뇌(五煩惱), 오지(五智) 등과 연관을 가지고 있다. 즉 우리가 지니고 있는 오대(五大)는 오여래(五如來)의 본질로 바뀔 수 있는 재료인 것이다.
우리가 죽을 때는 이생의 거친 몸은 다음생으로 갖고 가지 못하지만 미세한 색온(色蘊)은 바르도를 통하여 다음 생으로 가게 된다.

색온(色蘊)을 만약 거친 것과 미세한 것으로 구별하지 않고 말하면 본래 우리의 색온(色蘊)은 시작도 끝도 없다고 한다. 이 색온(色蘊)이 없애야 되는 번뇌인 무명을 없애고 청정해진 상태로 되면 비로자나라고 하며 법계체성지(法界體性智)를 얻게 되는 것이다. 

또 식(識)에는 심왕(心王)과 심소(心所)들이 있는데 심왕(心王)을 여섯 가지로 나눌 수 있으며, 심소(心所) 또한 51가지로 나눌 수 있다.
이 51가지의 심소 안에 변행(邊行)의 심소중 하나가 수온(受蘊)인데 이 수온(受蘊)이 없애야 하는 번뇌인 교만을 없애고 청정해진 상태를 보생이라 하며 평등성지(平等性智)를 얻게 되는 것이다.

또 상온(想蘊)이 없애야 하는 번뇌인 탐욕을 없애고 청정해진 상태를 무량수 또는 아미타라고 하며 묘관찰지(妙觀察智)를 얻게 되는 것이다.
또 행온(行蘊)이 없애야 하는 번뇌인 질투를 없애고 청정해진 상태를 불공성취라고 하며, 성소작지(成所作智)를 얻게 되는 것이다.

우리의 미세한 오온은 올바른 수행을 통하여 결국 오여래로 변화할 수 있지만 지금 이것은 번뇌와 함께 있으므로 번뇌를 모두 없애게 된다면 거친 오온도 미세한 오온도 아니게 되므로 식들의 번뇌를 다 없앤 청정한 상태 오여래로 되는 것이다. 이렇게 오온은 오여래로 변화시키는 원인이므로 모든 중생들에게는 불성이 있다고 하는 것이다.
결국 만다라는 다섯 가지의 색깔을 사용하여 만들어지는 것이다.